Сюжет:
Сатана (представившийся в произведении как Воланд) странствует по миру с целями, одному ему известными, время от времени останавливаясь в разных городах и селениях. Во время весеннего полнолуния путешествие приводит его в Москву тридцатых годов, — место и время, где никто не верит ни в Сатану, ни в Бога, отрицают существование в истории Иисуса Христа. Правда, в Москве живёт один человек (Мастер), написавший роман о последних днях Иисуса и отправившем его на казнь римском прокураторе Понтии Пилате; но и этот человек ныне пребывает в сумасшедшем доме, куда его привело, в том числе, трепетное отношение к своему произведению, подвергнутому жёсткой критике со стороны цензоров и современников-литераторов. Роман он сжёг.
Во время путешествия Воланда сопровождает его свита: (Коровьев, кот Бегемот, Азазелло, Гелла). Всех людей, вошедших в контакт с Воландом и его спутниками, преследуют наказания за свойственные им грехи и грешки: взяточничество, пьянство, эгоизм, жадность, равнодушие, ложь, грубость, имитация деятельности… Зачастую эти наказания, хоть и сверхъестественные по своей природе, являются логическим продолжением самих проступков (так, например, Никанор Иванович Босой, взявший у Коровьева взятку рублями, задержан за спекуляцию валютой, потому что эти рубли магическим образом превратились в доллары). Воланд вместе со всей своей свитой поселяется в «нехорошей квартире» на Садовой — в квартире, откуда уже в течение нескольких лет исчезают люди (исчезают, правда, без помощи сверхъестественных сил, так как описание этих таинственных исчезновений является намёком Булгакова на репрессии 30-х годов).
Маргарита, возлюбленная Мастера, потерявшая его след после того, как он попал в сумасшедший дом, мечтает только об одном — найти и вернуть его. С ней знакомится Азазелло, который даёт ей надежду на исполнение её мечты в том случае, если она согласится исполнить для Воланда одну услугу. Маргарита не сразу, но соглашается, и знакомится с Воландом и всей его свитой. Воланд просит её стать королевой бала, который даёт он в эту ночь. В ночь с пятницы на субботу начинается бал у Сатаны. Гостями на бал не попадают простые грешники, — ими оказываются только истинные, идейные злодеи.
Сотрудники НКВД (этот комиссариат нигде не назван в романе своим именем) пытаются разобраться в деле об исчезновении всей верхушки театра «Варьете», и главное — в происхождении валюты, на которую мистическим образом поменялась вся собранная в кассе театра рублёвая наличность. Следы быстро выводят следователей к «нехорошей квартире», они её неоднократно обыскивают, но всё время застают пустой и опечатанной.
Другая сюжетная линия романа, развивающаяся параллельно первой, — непосредственно сам роман о Понтии Пилате, написанный Мастером. Этот роман представляет собой альтернативную версию Евангелия. В нём рассказывается история Понтия Пилата, который не решился выступить против Синедриона и спасти осужденного на казнь Иешуа Га-Ноцри (так в романе зовут персонажа, основным прообразом которого явился Иисус Христос).